相傳於清乾隆年間，在九份地區有雞公精作亂，雞公精特別會騷擾當地結婚的新人，有新娘被雞公精調戲，許多新郎半夜也被雞公精踢下床，不少新人因此嚇到不敢洞房；此外貓精也趁此肆虐村落，村民所飼養的家禽不時被貓精啃食，四處皆為家禽屍體，村民不堪其擾找道士作法卻遲不見效果，遂請示當地紅公祖解惑，紅公祖隨即上天庭稟報「神農大帝」，神農大帝為之震怒，乃親下凡間立顯神蹟降駕在村民身上，手持法器扶乩不費催灰之力即將雞公精及貓精收伏，讓村民恢復平靜之日，自此，當地村民開始信奉神農老帝。
(翻攝 青雲殿臉書)
民國49年農曆4月11日，神農大帝突然顯神蹟指示要蓋廟，威靈顯赫附身主鸞(乩身)游賴的身上，游賴遵循神農大帝的指示，獨自一人走在雜草叢生的基隆山上，最後走至「鷹仔石」離地面數百公尺的峭壁上，所有村民在地面看傻了眼!此時游賴突然躍身跳下百尺深處平地，並手持寶劍插至神農大帝所指示的寶地分金線且絲毫不差，隨後高呼曰：「此地是我駐駕聖址，廟座東朝西，要建三殿，中線左右各伸三十六尺深三十九尺六寸言畢而退駕」。
這件事情絕不是傳言，因當天有數十位信徒皆見證了此神蹟。民國53年農曆8月8日晉殿後「神農老祖」就常駐於青雲殿迄今，建廟期間廟方曾一度為廟名要取名為青雲堂、青雲寺還是青雲宮傷透腦筋，後來神農老祖降駕指示：「吾廟非小廟」，經指示後才取名為今天的「青雲殿」。
