一、設壇
修持藥師如來法門之行者，應於佛壇上安置藥師琉璃光如來聖像。必須恭敬，清潔，不可褻瀆。
佛前設香爐，兩邊安置供奉鮮花水果之瓶器，於前整齊排放四十九盞油燈，七盞亦可。
二、禮敬
焚香三柱後燃燈
頂禮一拜，念誦：南無常住十方佛
頂禮一拜，念誦：南無常住十方法
頂禮一拜，念誦：南無常住十方僧
頂禮三拜，念誦：南無本師釋迦摩尼佛(一拜一稱名號)
頂禮三拜，念誦：南無藥師琉璃光如來(一拜一稱名號)
三、讚歎
禮敬拜畢，於佛前合掌長跪，唱讚偈：
皈命滿月界，淨妙琉璃尊
法藥救人天，因中十二願
慈悲弘誓廣，願度眾含生
我今申讚揚，志心頭面禮
四、供養
讚歎唱誦完畢，於佛前合掌長跪，唱誦供養偈：
願此香花雲，遍滿十方界
一一諸佛土，無量香莊嚴
具足菩薩道，成就如來香
五、懺悔
起立，頂禮一拜，再焚香三柱，唱誦懺悔偈：
弟子某某，今於藥師琉璃光如來前，發願懺悔：
我昔所造諸惡業，皆由無始貪嗔癡。
從身語意之所生，一切我今皆懺悔。
懺悔偈唱誦完畢之後，行者可自行述說自己將懺悔之內容。
六、誦經
讀誦<藥師琉璃光如來本願經>一部
七、持名
先唱誦讚偈：
藥師如來琉璃光，焰網莊嚴無等倫。
無邊行願利有請，各遂所求皆不退。
南無東方琉璃光世界，藥師琉璃光如來。
接著持念"南無藥師琉璃光如來或南無消災延壽藥師佛"名號一百零八遍或順時針繞房念三圈後三拜。
八、持咒與觀想
行者頂禮三拜上座：誦藥師琉璃光如來真言。
先誦大咒三遍：誦咒時，即觀想自己心際上有一輪明月，由頂穴而出，住於對面虛空上有一金黃色之咒輪，放出無量光芒，照射一切人，病苦皆除，受安隱樂。
咒文：南無薄伽伐帝。鞞殺社。窶嚕薜琉璃。缽囉婆。喝喇闍也。怛他揭多耶。阿囉訶帝。三藐三勃陀耶。怛侄他。唵。鞞殺逝。鞞殺逝。鞞殺社。三沒揭帝莎訶。
再誦小咒一百零八遍：
咒文：嗡，虎魯，虎魯，戰孥里，摩登耆.莎訶
誦咒與觀想宜於坐中進行，當按七支坐法安坐。
九、回向發願
弟子某某，願將所修功德，悉將回向...與法界眾生。願消三障，福慧增長，諸事遂順，同證菩提。
十、下座
焚香，頂禮三拜，即可下座出壇。
