近日菸捐爆出在兩年內被詐領數百萬，衛福部委外執行管核菸捐的戒菸治療管理中心長期以人頭帳戶、假發票詐領菸捐。2019年2月25日，黃國昌針對此議題質詢審計長。他表示，如果菸捐作為公益用途他很贊成，但如果被濫用就很嚴重。審計部在2012年就查到菸捐被拿去吃飯出國、買車買伴手禮買黃金米，但卻沒有人被懲處彈劾，錢也沒有被追回來。
審計長表示，監察院在107年調查後有提出糾正案，但審計長拿不出實際懲處與金錢追回的實例，對此黃國昌怒問，花拳繡腿誰會怕？做好玩嗎？
對於黃國昌的質問，審計部表示是因為監督機制不完整，黃國昌繼續點出菸捐徹查的拖延，並表示最後成果是要財政部檢討而已，沒有抽查也沒有考核，那審計做出來有什麼用？要不要送人彈劾？
審計長對此表示，有追蹤，財政部也有改善，黃國昌對此怒問，到底要不要懲處彈劾！審計部請說明你們的立場，可以這樣搞嗎？審計長則堅持財政部有修改相關辦法。黃國昌聞言再度質問，有沒有人應該被懲處？有人有人應該被彈劾？審計部自己查出來，軟成這樣子！還在顧左右而言他！大家怎麼會怕？繼續亂搞啊！2014年補助民間團體亂花沒有實地查核，衛福部有改嗎？
審計長對此表示這幾年有監督，最近要徹查。黃國昌繼續表示，這件事到目前為止並沒有要怪審計部，他覺得審計部同仁很辛苦很認真，但問題在於，報告中菸捐有這麼多缺失，卻沒有一個機關在理審計部，地方政府更是當耳邊風！有什麼意義？有人被懲處彈劾？錢有追回來嗎？2014年就糾正，問題是衛福部一直到2017年還沒有人被懲處彈劾！
黃國昌繼續舉菸捐亂花的例證，他表示，國民健康署戒菸治療管理中心，做貪污作假帳這種事情都幹出來了。針對國民健康署，開私人戶頭等弊端，審計部開始調查了嗎？審計部表示，廠商、衛生署的政風有去查，有追回一部份款項，審計部發現說，107年還是有缺失。
黃國昌對此表示，不要相信健康署自己的調查，他們自己就在包庇，那你還相信他們的調查。請審計部自己下去查！你說你有查一部份，你有查出來，全國公信力民調公司，每年承接幾百萬標案，你有發現他開假發票，一起做假帳，有沒有！沒有查為什麼說有查！這部分審計部不應該管嗎！可以承諾徹查嗎？這麼離譜的違法事件都攤在你面前了，還在顧左右而言他，還不徹查！
黃國昌進一步指出，一個公司，做假帳，詐欺納粹人的錢，每年承接多少政府標案，總金額隨便加一加超過幾千萬，這樣的公司還適合承接政府標案嗎？過去的標案不需要徹查嗎？部長承諾我，什麼時候去徹查？什麼時候給人民一個交代？
審計部長表示，我們會針對委員提供，我們會再去查。黃國昌對此表示，我查案子都非常具體，從來不說空話，我也希望審計部拿出相同的精神來！大家基層民眾在繳的菸捐，就這樣被污走，誰能忍受啊！政府部門的反應是軟弱不堪，誰理你啊！亂花也沒有關係！審計長需要多久？時間到了，請主席裁示。
主席最後裁示一個月。
網友對此表示，「審計長：靠腰，下個月準備換賓利，結果被查到了」、「唉… 每次質詢永遠都看到我們養的官在鬼打牆 真的是很絕望」、「就是不想說有沒有人要被彈劾跟懲處…. 這個審計長…. 深得精隨阿~~~」、「合理懷疑審計長也是貪污的一員•才會躲躲閃閃」。
