1998年5月，印尼发生了一系列由暴徒发起的针对华裔的暴动事件。20年后，印尼华人的地位有了提升，印尼土著人对华人的态度也有了很好的转变。

据印尼政府机构国家团结发展局七月十日公布的资料，5月13至16日发生的大暴乱以华人为主要攻击目标，多家华人商店被抢掠。468位华裔妇女被强暴，最年长的55岁，最小的年仅9岁。

其中20位华裔妇女在遭强暴或被殴打致死或被投进火海。印尼“被强暴妇女救助中心”、“妇女联系资讯中心”等团体则表示，由于政府推诿、犯罪团体恐吓以及受害者难以启齿等因素，无法确切统计被强暴的华人妇女人数。有人权组织估计，正确的数字应在千人以上。

印尼总统苏哈托于1998年5月21日宣布辞职，结束了超过30年的独裁统治。1965年，印尼发生了“九三零事件”政变，被时任总统苏加诺镇压。苏哈托指认政变是由苏加诺亲信发动，并乘机推翻了亲共亲苏的苏加诺政权。随后，他在全国掀起大规模的排华浪潮。

1998年正值亚洲金融风暴。受金融危机的影响，印尼经济增长放缓，货币大幅贬值，物价飞涨。印尼土著人认为华人和当地人存在着严重的贫富不均。印尼人此次暴动的目标就是相对富裕华人的庞大财富。

苏哈托下台后，印尼政府逐渐撤销了苏哈托对华人文化的多条禁令。华人可以使用中文名，可以参政，并从2004年开始将农历新年列为印尼全国假期。

虽然印尼华人的地位有了提升，多数印尼人与印尼华人在种族问题上的争议从未消失。据新加坡尤索夫伊萨东南亚研究院的全国调查，大部分印尼人仍然认为华人掌握着当地经济，接近一半受访者说它们“无法与印尼华人交朋友”。但也有印尼华人说，“印尼人”和“印尼华人”其实可以共存，并没有冲突。

随着“一带一路”的发起，印尼成为中国“一带一路”上重要的一环。

据BBC报导，澳洲莫纳什大学印尼中心研究员珀迪认为，印尼华人应主动积极参加社会事务，打破隔膜。两国的关系发展，为当地华人参与公共事务带来了契机。“在这方面来说，印尼华人协助印尼政府与中国打交道可扮演重要角色，尤其是两国间的经贸关系。”

然而，随着中国的崛起，“恐华”(Sinophobia)也悄然兴起。这是否会影响到印尼华人，再一次引起印尼的“排华”情绪呢？